L'histoire est celle de Tôru Acura, un jeune homme d'une vingtaine d'années au tempérament dépressif. Depuis la fin d'une guerre dans laquelle son pays était engagé, il s'enfonce peu à peu dans la dépression, inquiétant sa soeur : Akari.

Un jour, par hasard, il croise Chaika, une étrange fille portant un cercueil sur le dos. Voyant cela comme un signe, il décide de l'accompagner dans son voyage, suivit par Akari.
Peut être trouvera t-il ainsi un nouveau sens à sa vie.